Dr Łukasz Rąbalski z Uniwersytetu Gdańskiego jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2, wyizolowanego bezpośrednio od polskiego pacjenta i opublikował ją w globalnej bazie danych GISAID. Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę Polskę w swoich badaniach związanych z epidemiologią choroby COVID-19. Jest to ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa i w przyszłości może się przyczynić do wytypowania szczepionki oraz leków.

Dr Łukasz Rąbalski adiunkt w Zakładzie Szczepionek Rekombinowanych Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2, który został wyizolowany bezpośrednio od polskiego pacjenta z Pomorza. Wcześniejszy genom z Polski zdeponowany w globalnej bazie danych GISAID pochodził  z analizy wirusów namnożonych w laboratorium w liniach komórkach.

Sekwencja genetyczna koduje wiele ważnych informacji, np. jak wirus „oszukuje” organizm człowieka, osłabiając jego odporność. Dzięki wyizolowaniu takiej sekwencji, czyli odkodowaniu wirusa, możliwe jest lepsze poznanie właściwości wirusa, m.in. jego pochodzenia zarówno w kontekście ewolucyjnym, jak i geograficznym, a w konsekwencji znalezienie szczepionki oraz leku.

Przy rozkodowaniu wirusa od polskiego pacjenta z Pomorza zastosowana została najnowsza generacja sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies, co oznacza brak dodatkowych procedur, które mogą wprowadzać zniekształcenia. Wykorzystane zostały protokoły bioinformatyczne, opracowane wcześniej przez naukowców ARTIC do gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa Ebola w Afryce.

- Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie.  W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa – wyjaśnia dr Łukasz Rąbalski.  

Materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki sp. z o.o. mieszczącej się w Siódmym Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Jest to laboratorium, które powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański. Na potrzeby stworzenia szpitalnego laboratorium diagnostycznego do walki z koronawirusem zostały przekazane dwa termocyklery Light Cycler 480 II, dwie komory laminarne klasy BSL-2 oraz sprzęt uzupełniający. W prace diagnostyczne w laboratorium zaangażowani są pracownicy Diagnostyki oraz jako wsparcie w okresie pandemii doktoranci z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed.

Sekwencja genetyczna koronawirusa SARS-CoV-2, wyizolowanego bezpośrednio od polskiego pacjenta, została opublikowana w globalnej bazie danych GISAID 20 kwietnia 2020 r. Do tej pory w największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta. Dzięki pracy naukowców z Uniwersytetu Gdańskiego ta sytuacja już się zmieniła.

Aktualnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku i w ciągu najbliższych dni zaplanowano wysyłanie kolejnych sekwencji.

Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę również Polskę w swoich badaniach związanych z globalną epidemiologią choroby COVID-19 oraz stanowią ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa.

Zródło: Uniwersytet Gdański